Sob a perspectiva geomorfológica, o Médio Rio São Bartolomeu está inserido em uma região de relevo suavemente ondulado a ondulado, esculpido sobre estruturas geológicas do Grupo Paranoá e da Faixa Brasília. O canal principal flui por uma calha alongada que disseca o Chapadão Central. Os solos predominantes são os Latossolos Vermelhos e Vermelho-Amarelos nas porções de topo (altamente aptos à mecanização agrícola) e os Gleissolos nas planícies de inundação. Essa classificação de aptidão baseou-se em uma abordagem morfopedológica multicritério, com a combinação de atributos estruturais presentes no conjunto de dados de reconhecimento de solos da EMBRAPA. A modelagem realizou o cruzamento  de três variáveis discretas das feições: a ordem pedológica, o grupo textural e a classe de relevo regional. Foram processadas as ordens de solos atuantes na bacia (Areias Quartzosas, Cambissolos, Hidromórficos e Latossolos); as classes de relevo associadas (Plano, Plano e Suave Ondulado, Ondulado, Forte Ondulado, Forte Ondulado e Montanhoso, e Forte Ondulado ou Montanhoso); e as respectivas variações texturais (Argilosa, Argilosa Cascalhenta, Argilosa e Cascalhenta, Argilosa muito Cascalhenta, Média, e Média Cascalhenta). 

 A modelagem obedece a lógica de que as restrições físicas severas de relevo acentuado, pedregosidade excessiva ou saturação hídrica permanente sobrepõem-se ao potencial químico do solo, condicionando o resultado final à classe mais restritiva. Áreas que reuniram Latossolos profundos, relevos planos e texturas homogêneas (Argilosa/Média) indicam as zonas de morfogênese estável historicamente. Inversamente, feições marcadas por solos Hidromórficos ou relevos dissecados de padrão montanhoso foram reclassificadas como inaptas, delimitando as restrições de fundos de vale, encostas íngremes e relevo acidentado. Paralelamente, as curvas de nível foram extraídas do MDE, fornecendo a assinatura gráfica e a compartimentação geomorfológica da bacia.